飛納掃描電鏡是介于透射電鏡和光學顯微鏡之間的一種微觀形貌觀察手段，可直接利用樣品表面材料的物質性能進行微觀成像。掃描電鏡有較高的放大倍數，2-20萬倍之間連續可調；有很大的景深，視野大，成像富有立體感，可直接觀察各種試樣凹凸不平表面的細微結構；試樣制備簡單。目前的掃描電鏡都配有X射線能譜儀裝置，這樣可以同時進行顯微組織形貌的觀察和微區成分分析，因此它是當今十分有用的科學研究儀器。
飛納掃描電鏡對于從高功率到低功率的連續觀測，放大倍數的變化范圍非常大，并且不經常需要焦點掃描電鏡放大倍數范圍廣（連續可調5-20萬倍），一次聚焦后可連續觀察從高到低、從低到高，無需再聚焦，特別便于事故分析。
因電子照射而發生試樣的損傷和污染程度很小。掃描電鏡同其他方式的電子顯微鏡比較，由于用于觀察的電子探針電流小，電子探針的束斑尺寸小（通常為5nm到幾十納米），電子探針的能量也小（加速電壓可以小到2KV）此外，它不會在固定處照射樣品，而是通過光柵掃描照射樣品因此，對一些生物樣品進行觀察是非常重要的，因為樣品的損傷和污染程度都很小。
在掃描電子鏡中，成像信息主要是電子信息根據現代電子工業的技術水平，即使是高速變化的電子信息，也能不費吹灰之力地及時接收、處理和儲存因此，可以進行一些動態過程觀測如果樣品室配有加熱、冷卻、彎曲、拉伸和離子刻蝕附件，則可通過電視裝置觀察相變和斷裂強度的動態變化過程。
